Стандартные функции AutoHotkey для работы с ini файлами используют специальные функциии WinAPI, и поддерживают только ANSI и UNICODE файлы.

А, например, у Opera ini файл в UTF-8.

Стандартные функции для чтения/записи файлов AutoHotkey правильно понимают Unicode кодировки (если есть BOM), и можно использовать FileEncoding для указания нужной кодировки, даже если нет BOM или используется какая-нибудь однобайтовая.

В библиотеке несколько функций, использующих Loop Read и FileAppend для чтения и изменения ini файлов. Функции довольно простые, смотрите исходник.